为加强中国散裂中子源工程的管理，2013年2月19日高能所正式成立东莞分部，并于2020年12月8日更名为东莞研究部，为高能所内设异地科学研究单元。
东莞研究部位处广东省东莞市松山湖科学城，广东省人民政府首期提供400亩中国散裂中子源装置用地以及松山湖科技产业园区33亩生活用地。
东莞研究部的主要任务是推动散裂中子源项目建设和运行，为项目建设和运行提供管理、人员、服务等支撑，做好散裂中子源项目建设运行的日常工作协调和管理。同时负责与地方政府及相关部门联系与沟通，制定东莞研究部的中长期发展规划和战略，并根据用户需求，发展相关优势学科领域。
东莞研究部下设3个研究机构（加速器技术部、中子科学部、技术支持部）和相关职能部门（党政联合办公室、人力资源办公室、科研计划办公室、装置办公室、资产财务办公室、行政管理办公室、技术安全办公室、科技合作办公室）。
作为一项异地建设工程，东莞研究部将面向科技和经济发展的需要，确保散裂中子源项目稳定可靠运行，努力将其建成为我国中子、质子多学科研究和应用中心、国际一流的大型多学科研究平台。
东莞研究部主任王生，副主任王芳卫、梁天骄、金大鹏、童欣。已定向招聘落户东莞人员500多人，平均年龄不到37岁，另有在培的研究生130多人。