2）西卡尔玛丽站发现一终端机，选择【使用光环轨道】激活轨道列车，目前暂时无法使用回来在终端选择【网络商城】，可以用晶片换红耀珠和苍耀珠，之后每个终端都可以换取不同的耀珠在终端选择【解除门锁】，打开方舟地下通道 1 的大门
3）利贝尔·方舟 地下通道 1
4）居住区域·克雷德尔
【料理手册】此时可获得的料理：居住区域第一间遇到的屋子调查终端：大麦奶酪果冻 HP15000 战斗不能解除到达居住区域·克雷德尔后，先收集西半部分的宝箱数据水晶 Z 和大麦奶酪果冻都需要调查终端获得PS：Steam 版获得数据水晶 Z 之后去调查大麦奶酪果冻的电脑，会得到第二块塞姆里亚石前往东部区域触发剧情战，战后乔斯特加入在东部区域南边的房间调查验证装置的终端，选择【福音的再发行申请】输入【科洛丝·塞雷斯托·D·奥塞雷斯】，获得剧情道具：原福音之后用东部区域的升降梯前往车站PS：山猫号上有回复装置5）第 35 克雷德尔站调查车站终端，轨道列车能正常使用了（今后可以通过轨道列车方便地回到埃尔赛尤号上）接着在终端前使用道具原福音，解开方舟地下通道 2 门锁车站终端的网络商城可以用晶片换琥耀珠和翠耀珠PS：带着数据水晶 Z 和塞姆里亚石回埃尔赛尤号上找拉赛尔博士对话，用塞姆里亚石打造最终武器然后回到居住区域·克雷德尔，通过升降机下方的门进入方舟地下通道 2
6）利贝尔·方舟 地下通道 2
PS：方舟地下通道 2 中天使羊波波的伴随怪：迷走光子兽（1 只）7）工业区域·法克特里亚
先把南部的宝箱收集完毕，再用升降梯前往第 7 法克特里亚站
8）第七法克特里亚站车站终端上开启轨道列车，车站终端的网络商城可以用晶片换黑耀珠、金耀珠、银耀珠车站终端选择【解开门锁】后无反应之后乔斯特必须带在队伍中，然后前往工业区域东部，进入古罗力亚斯9）古罗力亚斯按地图走即可来到甲板上触发剧情战，我方处于被偷袭状态，敌人死时会自爆取到安全卡片回到船后部 1 层经过第一个电流栅栏时触发剧情战，敌人免疫所有状态，先解决暴动钢臂回到监禁区域，先打开 2 和 4 号障壁取宝箱，直接打开 1 号障壁就会触发剧情无法取得宝箱了最后打开 1 号障壁触发剧情
离开古罗力亚斯后，回埃尔赛尤号去可以把乔斯特换掉PS：带着乔斯特和埃尔赛尤号内的人对话挺有趣的之后先去居住区域·克雷格尔的山猫号上与吉尔对话，获得密码：【O.R.P.H.E.U.S】再去第七法克特里亚站终端前使用原福音，输入密码【O.R.P.H.E.U.S】，解开方舟地下通道 3 的门锁
10）利贝尔·方舟 地下通道 3PS：方舟地下通道 2 中天使羊波波的伴随怪：凯拉斯·格雷（6 只）；雷电漂浮鱼（1 只）靠近出口附近会遭遇剧情战，敌方受伤会分裂，还会封技和石化攻击
PS：Steam 版此时回埃尔赛尤号与尤莉亚、穆拉、科洛丝中的任意一位对话，可以选择让尤莉亚或穆拉加入队伍。尤莉亚跟科洛丝、穆拉跟阿加特分别使用相同的武器
11）中枢塔前南边有一个车站，车站终端的网络商店可用晶片换取水耀珠、风耀珠、木耀珠和幻耀珠调整一下装备和回路后前往中枢塔中枢塔前触发一场剧情战，战后进入中枢塔一层12）中枢塔 二层推荐队伍成员：科洛斯和奥利维尔
战后调查前方的终端打开继续前进的通道和直接返回一层的传送阵
13）中枢塔 三层推荐队伍成员：金
14）中枢塔 四层推荐队伍成员：雪拉
15）中枢塔 五层推荐队伍成员：提妲
16）中枢塔 六层队伍成员没有要求
第六层终点有一个回复装置，之后就不能换人和购买装备回路了约修亚前方战斗后将暂时离队，最终 BOSS 战时才会加入，请做好万全准备后再前进
战斗后约修亚离队，剩下三名角色继续前进，遭遇一场剧情战（敌方不免疫能力下降）战后一路前进来到根源区域·特梅理奥斯17）根源区域 特梅理奥斯这里有一个回复装置，做完最后的调整后继续前进触发最终 BOSS 三连战
Boss三连战第一战：怀斯曼和四个战术壳怀斯曼会使用免疫一切魔法的“根源屏障”，之后很长时间我方无法使用魔法攻击第二战：天使·怀斯曼和四只贪婪巡回者必败战，敌人处于无敌状态，任何攻击均无效第三战：天使·怀斯曼和四只阿尔法欧米伽敌人会拆地板，拆中的我方人员将永久消失，绝对防御魔法也无效一旦敌人驱动施放出一个黑圈，里面的我方人员必须立刻离开报酬: 基本 BP:– 奖励:– 奖金:–