毗卢寺位于南京市玄武区汉府街四号，始建于1522—1566年，因庙中供养毗卢遮那佛，初名毗卢庵，金陵名刹之一。民国时期成为全国佛教中心，中国佛教会、中华佛学研究会、中国宗教联谊会、首都中医院皆设于此。
“文革”浩劫期间，毗卢寺3000尊佛像全部散失，房屋殿堂被作为工厂之用。1998年时任全国政协副主席、中国佛教协会会长赵朴初居士探访年轻时曾长期居住和工作过的毗卢寺，表露了恢复毗卢寺心愿。10年之后在政府的支持下，毗卢寺终得恢复，重续香烟。2001年8月20日经南京市民族宗教事务局核准登记正式对外开放。