1943年12月，侵占南京的日军在施工中，从三藏塔遗址中发掘出装有玄奘顶骨的石函。此后，玄奘法师灵骨散轶各地，令人唏嘘不已。
玄奘，洛阳缑氏县(今河南偃师市)人，俗姓陈名祎，十一岁随兄出家。唐太宗贞观二年(628)，二十九岁的玄奘，发足西行至印度，以求翻译佛经原典。贞观十九年(645年)正月回到长安，结束了十七年的游学生涯，满载而归。此后，在唐太宗的支持下，他于长安弘福寺组织译场，开始译经。唐麟德元年(664年)玄奘圆寂，其灵骨初葬长安附近的白鹿原，总章二年(669年)，朝廷将其改葬于兴教寺，唐肃宗还为舍利塔亲题写塔额“兴教”二字。
之后千余年间，兴教寺几度枯荣，历尽沧桑。新中国成立后，政府两次拨款整修。现兴教寺主要建筑有：山门、钟鼓楼、大雄宝殿、法堂、禅堂、藏经楼等。
至于玄奘灵骨，一般认为唐末天下大乱，为求保全，寺僧将灵骨从兴教寺带到终南山紫阁寺内安葬。到了赵宋端拱元年(988年)，金陵天禧寺的住持来到此地，在废寺危塔中发现了玄奘的顶骨，千里背负至天禧寺供奉。明洪武十九年(1386年)，寺僧将法师顶骨由天禧寺东岗迁至南岗，建三藏塔安奉。清咸丰六年(1856年)，该寺毁于战火。
时光飞逝至1943年12月，侵占南京的日军在施工中，从三藏塔遗址中发掘出装有玄奘顶骨的石函，日方将顶骨分为三份：一份在南京玄武湖畔小九华山建成砖塔供奉；一份由当时的北平佛教界迎至北平供奉；一份即存于南京鸡鸣寺山下当时的汪伪中央文物保管委员会。其中第三份灵骨于1945年由南京佛教界请到毗卢寺供奉，在1963年为举行玄奘圆寂一千三百年纪念法会上，又将顶骨奉迎至栖霞寺。
之后“文革”开始，南京市佛协将这份顶骨送至市文管会保存。1973年，南京灵谷寺修复开放，将这份顶骨从文管会请回供奉，寺内专设玄奘法师纪念堂，纪念堂正中心设13层密檐楠木塔，玄奘法师灵骨即安奉于此。
当时被送往北平的那一份灵骨，后来经历了较多的分送与迁徙过程。首先，被日本人分出一部分迎往日本，辗转供奉于东京多处寺院。其间，1955年11月，应台湾佛教界之请，日方又分送一小块灵骨赴台，供奉在日月潭畔的玄奘寺慈恩塔内。留在北平的一部分灵骨，又分送国内四处道场供奉。
1956年印度总理尼赫鲁访问我国，提出礼请玄奘顶骨一事，后经周恩来总理同意，将供奉在天津大悲院的一份，由达赖喇嘛护送，在印度那烂陀寺玄奘学院建纪念堂供奉。
1998年9月，南京灵谷寺分赠1颗玄奘顶骨舍利给台湾新竹玄奘大学供奉。2003年11月21日，为纪念玄奘诞辰1400周年，西安大慈恩寺又从南京灵谷寺迎请玄奘法师顶骨舍利安奉于新建的玄奘三藏院的大遍觉堂。