根据学校事业发展需要,2014年3月学校成立科教基地管理中心（以下简称基地中心），2019年7月南平校区管委会与基地中心合署，2021年7月部门名称重新确定为科教基地管理中心，定位为教学辅助机构。在校党委和校行政的领导下，基地中心以“对接需求，主动服务，规范管理，提质增效”为工作目标，负责做好校外科教基地建设与管理工作，为到基地和南平校区开展教学、科研、培训等活动的师生提供后勤服务保障，依法依规管理两个教学林场。
基地中心下设综合科、科教服务科、基地管理科、实践实训基地发展科和南平基地保障科5个科室。目前管理3个校外科教基地（尤溪洋中科教基地、闽侯白沙科教基地、漳州科教基地）、2个教学林场（南平西芹教学林场和三明莘口教学林场）和1个南平校区。
校外科教基地（校区、林场）基本情况
1.尤溪洋中科教基地:地处三明市尤溪县洋中镇，距离校本部约100公里。占地总面积约957亩，其中试验田约200亩，山林地约717亩（正在办理产权转让手续），建设用地约40亩（包括国家食用菌品种改良中心福建分中心占地20亩、基地综合楼占地20亩）。另有与洋中镇共建的占地53亩的农业主题公园。基地建有综合楼和餐厅，建筑面积共约5387平方米，综合楼共6层，共有56间客房，可同时提供120人上课及食宿，配有篮球场、羽毛球场等设施。基地经多年建设已初具规模，常年有20余项国家或省部级科研项目进驻实施，国家薯类作物品种综合区域试验站、国家食用菌品种改良中心福建分中心、农作物优良品种示范园等都落户基地。
2.闽侯白沙科教基地：地处闽侯县白沙镇新坡村，总面积约220亩。学校于2007年7月与闽侯县白沙镇新坡村村民委员会签订土地承包合同项目书，租期为22年。现进驻基地的主要有国家甘蔗工程技术研究中心甘蔗品种选育和郑金贵教授水稻育种项目。基地建有面积约528平方米的大楼，配有办公室、会议室、仓库等。
3.漳州科教基地：地处漳州市芗城区九湖镇琥珀小路2号，占地面积约30亩。原为福建农业大学漳州分部所在地。有教学楼（办公楼）1栋，五层，建筑面积约1300平方米，配有会议室、办公室等。在册国有资产建筑面积1692平方米。
4.南平校区：地处南平市延平区西芹镇院口村，占地面积约308亩，为原福建林学院办学地。2019年7月与科教基地管理中心合署，转型后为我校重要的实践教学基地、科研后勤保障基地、培训基地和农林通识教育基地。现有建筑面积约92000平方米，有教室、食堂、礼堂、运动场、学生宿舍、招待所等教学、办公、运动、食宿设施，可同时容纳500名师生食宿，能为师生教学实践实习、科学研究提供良好的后勤保障。
5.福建农林大学西芹教学林场：林场创建于1956年8月。林场位于南平市延平区，场址设在西芹镇所在地，经营区分布在西芹、来舟的两镇6个村。场部下设有4个工区（场部工区、对河工区、沙溪工区、院口工区）。森林经营总面积1.66万余亩。树种除杉木、马尾松外，还人工引种驯化栽培大量珍贵树种，如香樟、闽楠、建柏、木荷、青钱柳、火力楠、檫树、酸枣等七十多种；树种组成有纯林、混交林，林分类型上百种。林场为实践教学和科学研究提供了良好条件，是森林培育学、种苗学、森林经理学、森林生态学、昆虫学、病理学、测树学、土壤学、树木学、植物分类学等主要课程的教学实习重要基地。
6.福建农林大学莘口教学林场：林场创建于1955年1月。林场位于三明市三元区西南部，场址设在莘口镇所在地，经营区分布在莘口镇、岩前镇和荆西街道办境内的9个村。场部下设有莘口、沙阳、楼源等3个管护站。森林经营总面积3.88万余亩。树种除杉木、马尾松外，还人工引种驯化栽培大量珍贵树种，如香樟、闽楠、建柏、秃杉、米槠、格氏栲、檫树、青冈栎、观光木、木荷、酸枣等六十多种；树种组成有纯林、混交林，林分类型上百种。林场为实践教学和科学研究提供了良好条件，是森林培育学、种苗学、森林经理学、森林生态学、昆虫学、病理学、测树学、土壤学、树木学、植物分类学等主要课程的教学实习重要基地。
（2021年12月22日更新）