一般来说自己去更好，不过这个问题，要根据你的具体情况选择。我是做日本私人导游的，根据我所了解的情况说一下。
我们国内的人还是习惯找旅游团，这样方便，省事，只要跟着团走就好了，缺点是必须有购物，一般都会价格与质量不符合，所谓的黑心导游很容易遇到。这个应该是最烦心的。行程不自由，住的，吃的都不合意。很难体会到日本的特色。
而且现在日本很反感中国旅游团预定房间，他们觉得旅游团从中间抽取提出的行为太过分，我现在安客人要求预定两个房间都不会预定给我，只能一个一个的预定。饭店也是这样，真正的日本特色饭店旅游团是不去的，去的也是中国人开的饭店，可以提成，所以无法吃到日本特色的料理。
自己去呢，你可以按自己的意志行走，一般台湾与老外喜欢自由行，住民宿，自己做好功课。花的钱也不多。缺点就是需要自己操心，不过，一般日本人都很热情的，你用汉字写他们都能看懂，也会指点你的，很多人会把你带过去。
不过一般问年轻人比较好，他们都很有素质。77便利店都有免费的WiFi，而且隔不远就会有这种店，里面的取款机可以用中国的银行卡直接取日元的。
自由行还是跟团，我觉得主要看楼主的旅行经验，如果经常出去旅行，那日本是个很适合自由行的国家，即使不会日语，也能很轻松完成旅行，交通、住宿、饮食都很方便，文字中很多中文，意思很容易猜出来。
如果极少旅行，第一次出国，那可以先跟团，对国外有一个初步的认识，了解一下旅行的基本方式，下一次自己出行就会有基础和信心。至于自由行和跟团的价格区别，其实不仅是日本其他国家也一样，表面上看跟团是明显便宜的，跟团的价格往往比你自己买机票+酒店都便宜，因为旅行社可以拿到便宜的机票和酒店。
但是，跟团会有很多额外的花费，比如说参加一些额外的行程，带你去一些价格高的商店等等，你懂的。跟团所去的景点也不可能都是你自己喜欢的，游览时间也受限制，住的地方经常远离市中心或景点，很大部分时间被浪费。所以从性价比看，自由行其实更合适。
不仅针对日本，其他安全的国家，诸如：新加坡、斐济、岛国等地，推荐还是自由行比较适合现代年轻人和青年人。老年人最好还是有年轻人陪伴一起自由行更好，更安全一些。
二、自由行和跟团哪个更合适你好，跟团和自由行各有利弊。我是去年11月份自由行去的北海道，当时找的地接导游，自由定制游玩路线，还包车，玩的比较开心。花费是每天2千块左右，我们是同事6个人大车，平均下来比跟团还便宜。如果是留学生徒步地陪的话更便宜。真正的纯玩团都很贵，看起来价格很划算的100%是带购物的，不然人家肯定赔本。你们也可以考虑一下。当时地接是从一个叫仙贝旅行的网站上找的，网址是http://xianbei.cc。你们也可以参考一下。