甘肃莲花山国家级自然保护区地处甘肃南部临夏回族自治州、甘南藏族自治州、定西市的临潭、卓尼、康乐、渭源、临洮五县交界处。地理位置在东经103°39′59″～103°50′26″，北纬34°54′17″～35°01′43″，境内地形复杂，沟谷交错，海拔2000—3578m之间，相对高差1578m，保护区地处青藏高原向黄土高原过渡地带，在我国重要的候鸟迁徙通道上，是我国重要的生物多样性保护和研究基地，也是陇上有名的风景旅游区，世界非物质文化遗产—“莲花山花儿”的故乡，总面积11691公顷。
保护区内生物资源丰富，有野生种子植物95科367属911种，列入国家重点野生保护植物3种，列入国家重点保护野生动物41种，属自然生态系统类别森林生态类型自然保护区，主要保护对象为森林生态系统及其生物多样性。森林植被主要为山地寒温性针叶林，分布具有明显的垂直带谱。
保护区管理机构健全。1983年经甘肃省政府批准成立的正县级事业单位，隶属省林业厅领导。2003年6月，经国务院批准晋升为国家级自然保护区。2002年12月，被国家林业局授予“全国自然保护区先进集体”；2006年10月，被确定为全国51家林业系统示范保护区建设单位之一； 2010年5月，经中国人与生物圈国家委员会批准，成为中国人与生物圈保护区网络成员单位。2010年12月，被甘肃省委、省政府命名为“省级文明单位”。2012年12月，被省厅确定为全省林业信息化建设示范单位。2015年1月，被国家林业局确定为首批“全国林业信息化示范基地”建设单位。2016年10月，被中国动物学会鸟类分会授予“中国濒危雉类研究基地”荣誉称号，2018年12月，被中国林学会授予“第四批全国林业科普基地”称号。2018年-2021年被中国林学会先后授予“第四批全国林业科普基地”、第五批全国林草科普基地，2020年11月，莲花山保护区被命名为甘肃省青少年生态文明教育实践基地。2021年5月经甘肃省林业和草原局批准更名为“甘肃莲花山国家级自然保护区管护中心”，2022年4月，莲花山保护区在黄河流域8省区82处国家级自然保护区管理评估工作中荣获全国“第一”，被评为“优秀”等级，受到甘肃省林草局的通报表扬。
保护区管护中心下设办公室、组织人事科、纪检科、计划财务科、资源管理科、科研管理科、火灾预防科、信息宣传科、生态工程管理科9个职能科室，上东山、沙河滩、唐坊滩、八度、磨沟、九甸峡6个基层保护站，下辖1个木材检查站、4个苗圃基地。