大理崇圣寺始建于唐开成元年 (公元836年)，经历代的扩建和重修，到宋代大理国时期达到鼎盛，成为当时东南亚地区最大的佛教寺院和佛教文化交流中心。是南诏、大理国最著名的王家寺院，有“佛都”之称。据《徐霞客游记》记载，当时的崇圣寺“基方七里，为屋八百九十间，有佛一万一千四百尊，用铜四万五百五十斛”，有“三阁、七楼、九殿、百厦”的规模，曾经有九位大理国的国王逊位为僧在此修行。明代崇圣寺以五大重器著称于世：三塔、南诏建极大钟、雨铜观音像、元代高僧圆护手书的“佛都”匾、明代三圣金像。然而历经清咸丰、同治时期的战乱、公元1925年（民国十四年）的大地震和十年文革浩劫，将崇圣寺这座千年古刹几乎夷为平地，唯有崇圣寺山门前的三塔幸存于世。
新中国的成立，给历史文化名城大理的象征崇圣寺三塔带来了勃勃生机。
1961年，崇圣寺三塔被国务院公布为全国第一批重点文物保护单位；
1978年，从崇圣寺三塔中发掘整理出珍贵文物681件；
1997年香港回归之际，重建南诏建极大钟钟楼、重铸建极大钟；1
999年，重建雨铜观音殿并重铸雨铜观音；
2002年，完成了崇圣寺三塔公园的改扩建工程，并由大理旅游集团崇圣寺三塔公园分公司进行全面的经营管理；
2003年6月，“恢复重建崇圣寺规划方案”审议通过；
2003年8月18日，崇圣寺恢复重建工程举行开工典礼；
2005年4月22日，崇圣寺恢复重建工程全部竣工。
2006年1月1日，大理崇圣寺正式对外开放。
2006年3月17日，大理崇圣寺管理委员会成立暨大理崇圣寺管理委员会第一次全体会议召开。
2006年4月30日，国家宗教局叶小文局长视察崇圣寺，亲自为崇圣寺题词“盛唐气象大理再现，和谐世界从心开始”。
2006年5月，圣辉大和尚为大理崇圣寺题词“大理崇圣，辉映西南”。
公元2006年7月，经国家宗教事务局备案，云南省宗教事务局批准，由中国佛教协会、大理崇圣寺主办，大理崇圣寺管理委员会、大理旅游集团有限责任公司承办，大理崇圣寺开光大典系列文化活动在大理崇圣寺隆重举行。 活动的主要内容为7月9日迎请阿嵯耶观音回家。7月11日贯彻首届世界佛教论坛共识座谈会。7月12日大理崇圣寺开光大典系列活动剪彩仪式；高僧大德合影留念；大理崇圣寺开光大典；崇圣寺佛教研究院揭牌仪式；高僧大德同植菩提树活动；佛教文物展剪彩仪式；佛光普照焰火晚会。7月13日云南省佛教协会副会长崇化大和尚荣膺方丈升座庆典；文物装藏仪式；书画家笔会。7月14日祈祷世界和平、祖国统一、民族团结、风调雨顺——观音祈福法会；各国高僧签名祈愿并敬装入千寻塔活动。
2006年8月28日，举行大理崇圣寺捐资助学活动。大理市相关部门领导出席。对取得优异成绩的2006年度大理市高考文理科状元进行了奖励。
2006年9月19日，台湾灵鹫山代表团访问崇圣寺，与中方以崇化大和尚为首的僧团进行友好交流。
2006年10月6日，中秋节。台湾省国民党名誉主席连战一行参观访问大理崇圣寺。省州市及佛协各级领导陪同访问。连战主席为崇圣寺题词：“大雄宝殿擎天立，苍山洱海蓄圣心。”
2006年10月26日，大理崇圣寺管理委员会第二次全体会议召开，会议形成一系列决议。
2006年11月6日、7日，首届大理佛教文化研讨会筹备会召开，初步确定研讨会主题、召开时间。
2006年11月25日，韩国天台宗前会长田云德长老一行访问崇圣寺，中国佛教协会副会长、云南省佛教协会会长刀述仁陪同访问。天台宗前会长田云德长老及天台宗议长分别为崇圣寺题词：“崇圣普照”、“一心常清静，处处莲花开”。
2006年12月29日至2007年1月5日（农历十一月初十至十一月十七日）大理崇圣寺举行了弥陀佛七法会，包括称扬弥陀圣号，恭诵大回向文、斋天、瑜伽焰口、集体祈福等法事。
2007年1月29日，为落实叶小文局长关于缔结中日友好寺院的指示精神，进一步加强中日佛教界的相互了解，增进两国人民的友谊。二○○七年一月二十九日至二月五日期间，组成了以大理崇圣寺方丈崇化法师为团长，中国国家宗教事务局副巡视员赵磊，中国佛教协会副会长、云南省佛教协会会长刀述仁为顾问，中国佛教协会副秘书长张琳、中国佛教协会国际部日本科科长李贺敏、云南省宗教局一处调研员刘玉清、云南省宗教局一处主任科员孙云霞、大理州民族宗教事务局局长杨化宇、大理市民族宗教事务局局长杨迁、大理州佛教协会副会长妙智、大理州外事办公室涉外科副主任科员杨绍东、大理崇圣寺管理委员会委员冯辉、大理旅游集团办公室主任杨文炜为成员的大理崇圣寺佛教文化访日代表团赴日考察访问。此次活动通过对日本寺院的参观和考察，加深了解和友谊，加强了大理崇圣寺与日本日中临黄友好交流协会的交流和沟通，为缔结友好寺院提供依据。
2007年4月16日，大理崇圣寺举办首届大理佛教文化研讨会。并邀请全国著名的佛教文化研究专家、学者、大德高僧40余位参会。
2007年10月8日—11月8日，经中国佛教协会批准，由云南省佛教协会主办，大理崇圣寺承办，将在大理崇圣寺举行三坛大戒法会。
2007年10月，大理崇圣寺与日本日中临黄友好交流协会举行缔结友好关系仪式。