安徽省全椒中学位于有“江淮背腹”、 “吴楚冲衢”之称的全椒县城内，前身是宋代崇宁年间（1105年）建于襄河南岸之全椒学宫。明代正德七年（1512年）学宫迁至襄河北岸（现全椒中学老校址），明代嘉靖年间之望阳书院、清代乾隆年间之襄水书院一直与之并存兴学。
1902年薛葆琏、邱景章、叶尧阶等人禀准抽提盐厘票费，多方筹措银钱三千元，改“襄水书院”为“县立中学堂”，始建为现代意义中学（安徽省建校最早的6所中学之一），学生两班，共60人，另附设高等小学堂一班。
1904年，学校因“州、县书院只能改为小学堂”之规定，改名为“官立高等小学堂”，实际仍授中学课程，1912年又更名为“全椒县立中学校”，进士出身的邱景章任校长。
1925年由于军阀混战，学校暂时停办。
1927年学校再次更名为“全椒县立初级中学校”，1928年，增设女子部一班。
1937年—1945年由于日寇入侵，学校四处迁徙，艰难办学。
1945年9月，学校迁回原址并扩校，1947年学校增设高中部，故更名为“全椒县立中学校”，办学逐渐走向正轨。
1958年，根据省政府指示，学校扩班增生，使用现校名“安徽省全椒中学”。1963年1月著名历名学家、文学家、诗人郭沫若为学校题写了现校名。
学校一直随着新中国的建设和发展而在不断地变化和发展中。
1978年，学校确定为地区重点中学，学校发展开始驶入快车道。硬、软件建设逐渐加快，学校教育教学也取得丰硕成果。1999年12月通过安徽省教育厅评审，被评定为安徽省首批示范性高级中学，学校进入了全面发展的新阶段。
全椒中学原位于全椒县城北部，四周襄水环绕，属原古学宫旧址，老校园东南角至今仍矗立着敬梓先生少时常登临吟酒、赋诗的明代建筑——奎光楼。
“奎光楼”始建于明朝隆庆6年（即公元1572年），距今已有四百四十年，属古学宫建筑群，取意一为“非此重镇以锁之”，留住风水，多出人才；二是让学宫里的诸子朝夕见阁，时时警醒自己的德性，“尊德性即所以尊经者也”。屋脊两面镌刻有《中庸》中的“五细目”——“博学、审问、慎思、明辨、笃行、化达天德”和《大学》中的“八目”——“格物、致知、正心、诚意、修身、齐家、治国、平天下”字样。民国元年，全椒得风气之先，改“奎光楼”为“国光楼”，以应共和新生，全中首任校长邱景章先生曾撰长联一副悬于“奎光楼”内（现仍存），名震当时，传诵至今。
政革卯酉，统通丑寅。恨老天忒不仁，忍抛却四万万黄民。任南拉丁、西条顿、北海斯拉夫，伺隙争来。攘攘几家儿，腾踔中原，吁何劫运。
尔雅方言，春秋朝报。愿吾党休自馁，好准备一双双赤手。算椒伍举，棠专诸，阜陵范亚夫，留芳未艾。区区百里境，涎育豪杰，是我乡风。
此楼形、楼史、楼意已浸润全中数代学子，也早已成为全中学子最为眷念的文化情结。全中因此楼而历史厚重，此楼因全中而青春长存。
在全中校园内还存有 “仙苑”（宋代理学家朱熹手书）碑刻一副，“官员人等至此下马”戒石一方，都是全中悠久历史的见证，亦是椒陵人自古以来尊师重教的见证。
2009年,学校从建立于襄水之滨近五百年的老校区，整体搬迁至集现代化、精品化、人文化、生态化为一体的新校区。学校目前只设高中部，三个年级有66个教学班，3400余名学生，二百余名教职员工。
全椒中学精英荟萃，人才辈出。一百多年来为社会培养出了大批栋梁之材。办学一百一十多年来，为国家培养了大批栋梁之材。有著名物理学家、北京师范大学校长张贻惠，有站在国际心理学讲台上中国第一人、著名心理学家周先庚，有中国城市规划和水卫生专业的开山鼻祖朱皆平，有中国“复关”谈判研究先驱者汪尧田……
新时期三十多年来，学校教育教学水平长足发展，名震皖东、享誉全省。高考成绩、“奥赛”成绩稳居滁州市各省级示范高中前列，向各类高校输送人才达万人之多。有安徽省高考男女状元段吉民、项晖；有代表中国首次参加世界中学生物理“奥赛”并获奖的张明；有曾为安徽省作家协会年龄最小的会员吕晨；有代表安徽参加国家“奥赛”集训队的黄跃彬、王宗静……世界很多知名院校、国内所有名校都活跃有全中人的身影。
如今，学校教育教学水平持续不断发展，高考成绩、奥赛成绩一直稳居滁州市各省级示范高中前列。学校坚持走“以德强校、以法治校、人文立校、教研兴校”的办学之路，秉承全中“敬一精神”，以“厚德博学，笃行至善”之校训，“求真理、向光明、立大志、思报国”之校风， “教之以礼、育之以德、求之以真、行之以善”之教风，“诚正信实、恒毅勤思”之学风，作为校园文化精神精髓，以“一品人才、勉成国器”作为办学目标，努力为国家培养素质全面的、具有全球胸襟的和国际竞争力的优秀人才。
学校先后被授予“全国雷锋中学”“全国体育卫生先进单位”“安徽省文明单位”“安徽省体育卫生国防教育先进单位”“安徽省艺术教育先进单位”“安徽省校务公开先进单位”“安徽省绿色学校”“安徽省科普示范学校”“安徽省五四红旗团委”“滁州市文明单位标兵”“滁州市教学质量优秀学校”等多项荣誉称号。