同治新疆回乱，是中国清代同治年间新疆各地发生的动乱，与浩罕、俄罗斯的入侵交织在一起。同治三年（1864年）四月，库车回民举事，杀死办事大臣与阿奇木伯克。因陕甘回乱波及，数月之内，新疆各地相继发生暴动和叛乱。暴动者以回族、维吾尔族农民为主，也有汉族、柯尔克孜族、哈萨克族加入。各地起事者在攻占官署、兵营后，推举阿訇为首领，建立政教合一的割据政权。随后，各政权之间又发生混战与兼并。至同治四年（1865年）末，新疆大部份地方失陷，官军仅保有塔城、库尔喀喇乌苏、巴里坤及哈密一带。此时，西北官军主力正在平定陕西、甘肃的动乱，无暇顾及新疆。俄罗斯则乘乱入侵塔城及额尔齐斯河流域，并于1864年10月逼迫乌里雅苏台将军签订《中俄勘分西北界约记》，吞并了新疆巴尔喀什湖以东的大片领土。
1864年底，喀什噶尔的起事者向浩罕汗国求援，导致阿古柏入侵新疆。1865年至1867年间，阿古柏率领浩罕军队消灭了天山以南各地的暴动者政权，在回疆建立哲德沙尔国。同治十年（1871年），俄罗斯借机侵占伊犁。光绪元年（1875年），清廷命陕甘总督左宗棠督办新疆军务。次年，清军西征，收复乌鲁木齐一带。光绪三年（1877年），清军消灭阿古柏政权，收复了除伊犁外的新疆全境，持续十余年的新疆动乱最终结束。光绪七年（1881年），中国通过交涉收回俄国占领下的伊犁。光绪十年（1884年），清廷下旨设立新疆省，废除了乾隆以来的伯克制和军府制，实行与内地相同的郡县制。
背景19世纪中叶，英俄两国加紧对中亚地区的殖民争夺（俄国完成了1861年改革，走上资本主义道路，侵略野心进一步扩大；英国基本占领了印度，因此，也开始向中亚渗透）并觊觎中国领土新疆。
同治初年，因太平天国、捻军等持续多年的内乱及向西方列强赔款，清廷面临严重的财政危机。每年由内地各省拨解新疆的二三百万协銄逐渐缩减，最终断绝。大小伯克官吏任意摊派勒索，致使民怨沸腾。
经过此次动乱大致分为以下几个阶段：
新疆各地发生暴动，驻扎大臣等官员被杀或自尽，清兵溃败。 各地起事者建立多个互不统属的割据政权，各政权之间相互混战。 俄罗斯军队入侵塔城等地，中国官员被迫与之签订《中俄勘分西北界约记》。 浩罕军官阿古柏携白山派和卓后裔入侵新疆，消灭天山南路的清军据点。 阿古柏逐一消灭各地暴动者政权，驱逐和卓后裔，建立哲德沙尔国。 清军西征，收复除伊犁以外的新疆全境。
阿古柏入侵时的新疆各地方势力
首领
称号或官职
势力范围
灭亡时间
被谁所灭
艾拉汗（维吾尔族）
苏丹
伊犁
1871
俄罗斯
喀尔莽阿（锡伯族）
伊犁锡伯营总管（清朝）
伊犁
1871
俄罗斯
妥得璘（回族）
清真王（哈里发）
乌鲁木齐
1870
阿古柏
吐鲁番
徐学功（汉族）
清朝当地团练
乌鲁木齐南山、吐鲁番
-
-
棍噶扎拉参（藏族）
领兵喇嘛（清朝）
塔尔巴哈台
-
-
库尔喀喇乌苏
何琯（汉族）
巴里坤镇总兵（清朝）
巴里坤
-
-
伯锡尔（维吾尔族）
哈密札萨克和硕亲王（清朝）
哈密
-
-
热西丁和卓（维吾尔族）
圣人穆罕默德后裔、圣战者热西丁汗、
汗和卓（黄和卓）
库车
1867
阿古柏
喀喇沙尔
阿克苏
乌什
哈比布拉（维吾尔族）
帕夏
和阗
1866
阿古柏
马大老爷（回族）
陕甘回乱起义回民领袖
叶尔羌
1866
阿古柏
尼牙孜（维吾尔族）
叶尔羌阿奇木伯克
1866
马大老爷、热西丁
清军
-
叶尔羌
1866
马大老爷
巴尔楚克
阿古柏
思的克（柯尔克孜族）
塔什密里克阿奇木伯克
喀什噶尔回城
1865
阿古柏
奎英（满族）
喀什噶尔参赞大臣（清朝）
喀什噶尔汉城
1865
阿古柏
托克托布（满族）
英吉沙尔领队大臣（清朝）
英吉沙尔
1865
阿古柏
库车同治三年（1864年）四月，修建渭干河水利的库车河工托乎提尼牙孜哈里等人杀死监工和伯克，引发暴动。同月，库车土回 马漋、马三保、玉门人杨春，联络外地人田拉满、苏拉满，聚集当地汉回（回族）、汉民、缠回（维吾尔族）起事。库车办事大臣萨凌阿咨报喀喇沙尔（今焉耆县）求援。五月初三，马漋部众攻入库车城内，杀死库车办事大臣萨凌阿、英吉沙尔领队大臣文艺、叶尔羌帮办大臣武仁布、库车阿奇木伯克库尔班等人，逼迫曾任喀什噶尔阿奇木伯克的库车闲散郡王爱玛特（艾合买提王伯克）充当暴动首领。爱玛特为库车伯克鄂对之后，不肯屈从，被当场杀死。
暴动者找到库车热西丁家族的阿訇热西丁和卓 ，推举其为首领。热西丁自称“先知穆罕默德最伟大的后裔、宇宙力量的主宰者” ，人称“汗和卓”（清代文献讹作“黄和卓”），煽动民众对异教徒（卡菲尔）进行圣战。热西丁派兵向西攻占了阿克苏和乌什，向东袭取喀喇沙尔，基本控制了回部东四城一带。
阿克苏、喀喇沙尔五月初七，库车以东的玉古尔（今轮台县）被暴动者攻陷。初九日至十四日，阿克苏所属的赛喇木、拜城，喀喇沙尔及其属城库陇勒（今库尔勒市）也爆发民变，喀喇沙尔办事大臣依奇哩死难。阿克苏办事大臣富苏哩驰书伊犁求援，未几阿克苏城陷，富苏哩举家自焚 。回部东四城陷落后，为库车的热西丁所控制。
乌鲁木齐早在同治元年（1862年），甘肃河州（今临夏回族自治州）阿訇妥得璘（一名妥明）潜逃出关，来到乌鲁木齐，寄居于乌鲁木齐绿营署理中营提标参将索焕章家中。索焕章师事之，一同谋划起事。
同治三年五月，乌鲁木齐都统平瑞得知库车发生暴动，派文光领兵前去平叛，途中被乱军击溃于乌沙塔巴克，全军覆没 。索焕章属下的汉回兵丁夜间在乌鲁木齐南关清真寺集会议事，被戍卒朱小贵窥见。朱小贵报告乌鲁木齐绿营提督业布冲额，业布冲额询问索焕章。索焕章诬称朱小贵造谣惑众，将其斩首。六月十二日，妥得璘、索焕章起兵反叛，攻下乌鲁木齐汉城（迪化城）。业布冲额被俘，囚禁于索焕章宅中，八日后仰药自尽。都统平瑞与少量屯练、勇营困守巩宁城（乌鲁木齐满城）。同日，昌吉县事起，知县恩锦逃走，典史秦某阖家就戮。
困于巩宁城内的清兵多为老弱，不习操练，平瑞惟有等待援兵。然而“自六月至八月，无一至者。” 伊犁将军常清、乌里雅苏台将军明谊派兵救援，皆被阻于乌鲁木齐以北。平瑞勉强督兵出战，清军一触即溃，死五百余人。八、九月间，阜康、呼图壁、绥来、乌兰乌苏等地失陷。妥得璘自称“清真王”（哈里发），控制了库尔喀喇乌苏（今乌苏市）以东、济木萨（今吉木萨尔县）以西一带地方。九月辛丑，在困守百余日后，巩宁城破，平瑞自焚，护理镇迪道伊昌阿投井死，协领荣庆以下死难者一百余人。
阿古柏入侵喀什噶尔的思的克、金相印因无力攻克清军驻守的喀什噶尔汉城（今疏勒县），于1864年底派人邀请流亡浩罕汗国的白山派和卓后裔入境。浩罕执政者随即派阿古柏领兵携波罗尼都曾孙布素鲁克入侵新疆。1865年9月至1870年间，阿古柏率领浩罕乌兹别克族军队相继攻占了喀什噶尔汉城、叶尔羌、和阗、阿克苏、库车、库尔勒等地，将天山南路各地的暴动首领全部消灭，最后控制了乌鲁木齐，宣布建立哲德沙尔国。至清军由甘肃进剿时，阿古柏及其浩罕军队占据新疆南部达十三年之久。
俄罗斯侵占伊犁同治十年（1871年），俄国以防备阿古柏袭扰为由，派兵占领了伊犁一带，声称“代为收复”，待中国军队肃清内乱时归还，实则图谋永久割占。
结果同治十二年（1873年），清军基本平息了陕西、甘肃的叛乱，筹备恢复新疆。光绪元年（1875年），清廷以陕甘总督左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务。次年，清军收复乌鲁木齐、昌吉、绥来（今玛纳斯县）。光绪三年，阿古柏服毒自尽。清军收复天山南路。
记载《镇原县志》
“四乡堡寨攻陷无遗，而县城独全，盖四乡之人逃出虎口者，生后入城避难。是月初九日……（回民军入城）……，全城糜烂，死者不知其数。”据《中国人口史》，回民屠城前全县人口26．9万，战争损失23．4万，损失比例为87%。
《甘肃新通志》卷47
同治二年（1863年）八月，回民军队“陷平凉城府官……员死节者百余，士民死者十数万。”
《华亭县》
同治二年十一月，陕回入境，焚杀极惨。初土回叛变，尚爱乡土，不甚残毒。及陕回入境，无所顾惜，焚杀惨于土回十倍。华亭从此丘墟。“乡镇民屋焚杀殆尽，遗民数百悉逃莲花台。
《隆德县》
同治四年县破城，从此官逃庄浪，城空无主者五年。人民杀毙饿死十有八九，老弱逃尽，全县无二三十人家。全县村村焦土，十室九空。
伤亡泾阳县。据《中国人口史》一书，战前一年的1861年人口17，7万，战后6．7万，战争中损失11万。
兴平县。战前1861年18．4万，战争三年人口损失7．9万。
户县。战前16．2万，战争中人口损失比例超过三分之二。高陵县战前8万，损失4．8万。
富平县。战前31．8万，损失20．3万。
三原县，咸丰十一年（1861）三原县人口21．6万人，损失12．3万。据三原县志记载，回民起义两年间（1862—1863），“县旧隶五百余村俱残破，仅存东里、蔡王二堡”。
高陵县。回民起义前的1861年高陵县人口8万人。高陵县志记载，“同治三年（1864），县内人口锐减至32192人。”损失4．8万。
大荔县（旧制）。战前22．4万，三年后仅余72679人。损失67%。
合阳县。战前29．9万，战后余14．6万，损失57%。
澄城县。战前20．6万，损失60%。
蒲城县，战前32万，损失64%。
华州（现华县），战前17．8万，战后不到9万。
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