一、香港界内深圳湾口岸始发巴士
香港深圳湾口岸大巴：B2、B3、B3X、B2P、B3A
深圳湾口岸（乘B2大巴）—天水围西铁站（西铁线到美孚站换乘荃湾线）—尖沙咀。
深圳湾口岸（乘B2大巴）—天水围西铁站—天桥对面换城巴969—铜锣湾。
深圳湾口岸（乘B2大巴）—天水围西铁站（西铁线到美孚站换荃湾线到金钟站）—换乘629专线大巴—海洋公园。
深圳湾口岸（乘B3X大巴）—屯门市中心—转乘R33大巴—迪士尼。
深圳湾口岸（乘B2大巴）—天水围西铁站（天水围警署）—机场巴士E34—香港国际机场。
专线小巴一条：新界618，线路：香港深圳湾口岸←→天恩邨，途经天恒邨、香港湿地公园、丽湖居、天颂苑、厦村。
二、深圳湾口岸跨境巴士
香港及内地(例如广州、中山、深圳机场等)的跨境巴士经深圳湾口岸往返两地。部分路线乘客可购票搭乘，深圳湾口岸深方区域设有售票处。路线包括：
◇环岛旅运深圳湾专线
尖沙咀专线：尖沙咀(海港城)←→深圳湾口岸←→深圳机场
旺角(太子)专线：太子(砵兰街)←→深圳湾口岸←→深圳机场
上环专线：上环(信德中心)←→深圳湾口岸←→深圳机场
铜锣湾专线：铜锣湾(时代广场)←→深圳湾口岸←→深圳机场
海洋公园专线：海洋公园←→深圳湾口岸←→深圳机场
迪士尼乐园专线：深圳机场→深圳湾口岸→迪士尼乐园
◇深西特快
世界之窗公交总站←→深圳湾口岸←→九龙塘港铁站(往香港方向经太子)
◇西部通道快线
佐敦←→九龙站圆方←→深圳湾口岸←→深圳机场
◇深圳湾跨境快线
京基百纳广场←→深圳湾口岸←→葵芳←→深水埗西九龙中心←→西湾河嘉亨湾
◇航天新干线
香港国际机场←→深圳湾口岸
深圳南山京基百纳广场←→ 深圳湾口岸←→东涌东荟城
◇中旅991东九龙快线
广州或中山←→深圳湾口岸←→观塘马蹄径←→坑口宝顺路←→将军澳健明邨（上述内容供旅客参考）