【历史前沿】
灵谷寺最初为南朝梁武帝为尊崇宝志禅师兴建的“开善精舍”，位于紫金山独龙阜玩珠峰南麓，始建于南朝天监十四年（515年），梁武帝为埋葬宝志和尚，在独龙岗建开善精舍和志公塔。
唐朝乾符年间改名为“宝公院”。
宋开宝年间， 易名为开善道场。
宋太平兴国四年（979年），宋太宗题寺额为“太平兴国禅寺”。
元朝及明朝初年时被称作“蒋山寺”。
明太祖朱元璋选定此处修建自己的陵墓明孝陵，于洪武十四年（1381年）将原寺移到灵谷寺现址，地形是“左群山右峻岭”之间的一片谷地，可谓山有灵气，谷有合水，故而命名为“灵谷禅寺”。用砖石砌成的无量殿（又称无梁殿），安置无量寿仏本尊，灵谷寺的寺匾额是朱元璋所赐，并敕封寺名“灵谷禅寺”。当时灵谷寺规模很大，占地500余亩。还有灵谷塔和三绝碑等胜境；玄奘纪念堂中供奉玄奘法师坐像，像前的玄奘法师顶骨纪念塔中有玄奘顶骨舍利。
清朝初年，遭受冰火打击，但次年很快地就复兴了，清康熙四十六年（1707年），康熙南巡时，临幸钟山，御赐“灵谷禅林”匾额，并书“天香飘广殿，山气宿空廓”对联赐寺。 虽接待过康熙帝与乾隆帝在这里逗留。但是，建筑大多毁于清朝咸丰同治年间清军与太平军的兵火，虽然同治年间寺院在曾国藩等人得以重建，规模已大不如明代灵谷寺的威容盛况。
民国十七年（1928年），国民政府在灵谷寺原址建设国民革命军阵亡将士公墓，原灵谷寺则迁至东侧同治六年所建的龙神庙。四方墙壁设置了110座石碑，刻有国民革命军阵亡将士名单。
【进入当代】
1949年，中华人民共和国成立后，这一带被改为“灵谷寺公园”。
1973年，南京灵谷寺修复开放，经有关部门批准，从市文管会请回供奉玄奘法师灵骨，寺内专设“玄奘法师纪念堂”，纪念堂正中心设13层密檐楠木塔，玄奘法师顶骨即安奉于此中。
1980年，真慈大和尚住持灵谷寺后，对灵谷寺进行了全面维修，重建了山门、大雄宝殿、祖堂、客堂、志公殿、藏经楼，新建了观音宝阁、玄奘院等建筑。
1982年，灵谷寺无梁殿被列为江苏省文物保护单位；
1983年，南京灵谷寺被定为汉族地区佛教全国重点寺院。
2004年，灵谷寺新建仿唐建筑玄奘院。
2006年，被国务院列为全国重点文物保护单位。
2014年4月，灵谷寺举行开山1500周年庆典暨第四届金陵礼佛文化月活动。
2016年1月8日，灵谷寺玄奘院地宫举行落成仪式，镇寺之宝——玄奘的顶骨从玄奘院大殿移驾地宫内保存。以后，地宫将作为这份玄奘顶骨的永久存放和供奉之地。
如今，南京灵谷寺已从传统走向现代，立足人间，关注人生的烦恼，通过运用适应时代的方式，提升大众的精神层面。佛教寺院在管理方面，也从单一的封闭性内部管理，走向综合性社会化管理。以传统佛制戒律与丛林清规作为寺院的基本准则，重新建立符合时代特点的、切实可行的丛林清规。建立寺院详细的规章制度，如图书制度、财务制度、人事制度等，更好的弘扬佛教慈悲济世的精神。
【主要历史景点】
山门灵谷寺红山门
灵谷寺山门是灵谷公园的大门，这座仿古建筑的山门是20世纪30年代重建的，其形式为三拱门，绿色琉璃瓦檐顶，外墙为红色，所以也叫红山门。门额上有“灵谷胜境”四字，是现代书法家钱松岳先生的手笔。门外的一对石狮，是建造阵亡将士公墓的北平军分会赠送的。红山门后一条青石铺就的两道，在道的尽头，矗立着一座阵亡将士牌坊，牌坊建于民囯二十四年（1935年），是为纪念北伐阵亡将士而建，牌坊的台基长32.7米，宽16.6米，高10米，共五间，全部用钢筋水泥构筑，座基外镶花岗岩，绿色琉璃瓦覆顶。牌坊前中门门额上横刻“大仁大义”四字，背面刻“救国救民”四字，都是国民党元老张静江题写的。
无梁殿及其周边无梁殿
无梁殿是明代灵谷寺仅存的一座建筑，因殿内供奉无量寿佛而得名。由于这座殿是砖石拱券结构，不用梁木，所以俗称“无梁殿”。无梁殿建于明朝洪武十四年（138年），大殿的东西长53.8米，殿前露台宽敞，面阔5间，进深3间。殿顶是重檐九脊琉璃瓦，屋脊上的3个琉璃瓦塔是喇嘛塔。其建筑结构改变了中国古建筑梁柱结合框架式的建筑传统。整座建筑找不到梁柱，全部用砖砌造而成。采用了中国古代石拱桥的建造方法，由基层用砖先砌5个洞，合缝后叠成一个大型的拱形殿顶。5个开门的每一间就是一券，每排为5券，正中一间券洞最大，宽11.4米，高14米。内部虽为券洞结构，外部却仍以仿木结构的形式出现，檐下有出挑的斗拱，正面还设有门窗，是一座采用多样券法，错综连接后构成的建筑。
白玉赑屃
灵谷寺无梁殿前有一汉白玉赑屃，上驮一碑，这块碑是谭延闿的墓碑，上面原有蒋介石题书的“中国国民党中央执行委员前国民政府主席行政院长谭公延闿之墓”字样。墓碑之下有龟趺座，四周围有石栏，为谭延闿墓的起点。后来原碑文磨平，由中山陵园管理处第一任处长高艺林摹乾隆笔意题书“灵谷深松”。
灵谷塔
灵谷塔
灵谷塔——原名阵亡将士纪念塔，是阵亡将士公墓的主要建筑之一，建于民囯二十年~民国二十二年（1931～1933年）。塔的设计者是美国著名建筑师茂非和中国建筑师董大酉。该塔高约60米，九层八面，全部用钢筋水泥建筑。每层以绿色琉璃瓦披檐，塔外绕有走廊（云座），围以石栏杆的平台，塔之中部用螺旋式，扶梯有260多级围转而上，每层每面有门通至塔外绕之平座，绕台可鸟瞰钟山景物。正门横帽上的“灵谷塔”三个字是解放后陵园管理处第一任处长高艺林所书。塔底层外壁石刻 “精忠报国”为蒋中正题书。侧门分别是“成功”、“成仁”，后门为“有志竟成”。
松风阁松风阁
松风阁是一座依山而建的仿走马楼式建筑，面阔9间，屋顶为重檐式，铺以蓝色琉璃瓦。这座建筑是“国民革命军阵亡将士”的纪念馆。纪念馆于1931年起建造，由美国建筑师茂非按中国传统的民族建筑形式设计，造价21.5万元。1933年完工后正式定名“革命纪念馆”。这幢二层楼建筑，东西长41.7米，南北宽19.7米，为钢筋水泥仿木结构。外有回廊，楼下为9间，中为穿堂，上面是走马楼式的楼屋。上下遍设架柜，供陈列阵亡将士遗物或举办展览。
宝公塔宝公塔
宝公塔是南朝梁武帝用来安葬宝志和尚舍利的塔，当时建塔耗资20万银两。后因朱元璋建明孝陵，将塔与寺一起迁往这里，改名叫灵谷塔。塔初建时为5层，可惜原塔早已毁尽。宝志和尚是南京栖霞东阳人，7岁出家，死于梁天监十三年，是梁武帝最敬仰的和尚之一。
宝公塔原为七级，砖木结构，明初在今灵谷塔位置，建造烈士公墓时迁移至此，为覆钵体形式，1941年完工。
将士公墓国民革命军阵亡将士公墓位于无梁殿东西后三个方位，于民囯二十四年（1935年）落成，共建筑有公墓3座，第一公墓居中，位于无梁殿后面；第二、三公墓位于无梁殿东西两侧。三个公墓共葬入1029名国军阵亡官兵，多数是北伐和12.8淞沪会战阵亡将士。牌坊建于1933年，建造在42级石阶之上，台基长32.7米，宽16.6米，高10米，共5间，钢筋水泥结构，座基外镶花岗石，绿色琉璃瓦盖顶，饰有有水泥脊兽，斗拱三级，四角起翘。前后门额上镌刻有“大仁大义”、“救国救民”八个大子，左右门额上配有瓷质国民党党徽。第一、二、三公墓的地上建筑基本已经被毁。
玄奘纪念堂
玄奘纪念堂
大雄宝殿东跨院的正厅为玄奘法师纪念堂，里面陈放着六面七级飞檐桃角檀香宝塔一座，塔内安放着玄奘法师的部分顶骨。玄奘，通称三藏法师，唐朝高僧，唯识宗的的创始人之一，与鸠摩罗什、真帝并称为中国佛教三大翻译家。据文献记载，玄奘法师圆寂于西安，葬于兴教寺塔，黄巢起义时遭盗而捐残。后来，宋朝天禧寺和尚法政，在陕西终南山紫阁寺得玄奘法师顶骨，迁葬于南京中华门外的大报恩寺，建一座砖塔，埋藏顶骨，名为“三藏塔”。清未遭兵燹而毁。
1973年，南京灵谷寺修复开放，将存放于文管会的顶骨迎回，后建玄奘院、造金丝楠木纯金构建玄奘大师顶骨舍利塔进行供奉。
2016年1月8日，灵谷寺玄奘院地宫举行落成仪式，镇寺之宝——玄奘的顶骨从玄奘院大殿移驾地宫内保存。
【文物保护】
1973年，南京灵谷寺修复开放，将存放于文管会的玄奘顶骨迎回，后建玄奘院、造金丝楠木纯金构建玄奘大师顶骨舍利塔进行供奉。
1982年，江苏省文物保护单位指定无梁殿为省级文物保护单位。
1983年，被国务院列为汉族地区全国重点佛教寺院，并移交给佛教界管理使用。
2001年6月25日，国务院公布廖仲恺何香凝墓、邓演达墓、谭延闿墓、国民革命军阵亡将士公墓四个革命遗址及革命纪念建筑物整体为全国重点文物保护单位（邓演达墓位于灵谷寺东，廖仲恺何香凝墓位于明孝陵西侧，谭延闿墓位于灵谷寺东，国民革命军阵亡将士公墓位于灵谷寺）。
2012年3月，灵谷寺桂林石屋遗迹被列为第四批南京市文物保护单位。
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