《口袋妖怪：漆黑的魅影》5.0版本中，一上来就是小田卷博士与我们对话，根据引导设定好自己的性别以及名字，然后剧情是玩家扮演的主角陷入了莫名的沉睡，目前是在进行引导主角醒过来的实验中。具体剧情流程如下所示。
在小田卷博士的引导下正式开始黑魅之旅
选好性别、名字
首发场景是小田卷的研究所，主角和女主都陷入了不明原因的沉睡
阿克罗玛说要用奇怪的装置引导主角清醒过来
漆黑创世传说，包含了一二三周目地区的预告
然后是主角的梦境里，选择最上方的红色大门，其他两个进不去
回到了卡车内，这是主角来到芳缘的第一天
下车，妈妈来打招呼，然后是上楼，调时间
调好后妈妈会过来对话，可以从电脑里拿出一个伤药
依然看不到爸爸的镜头，妈妈说要你去找小田卷博士
博士不在家，先去拜访一下邻居(未白镇平面地图)
去二楼调戏下小遥，就出门吧
向上走，发现小田卷博士再次被追了(为什么说再次呢==)
选初始精灵吧(小夜选了傲娇蛇)
初始精灵：暖暖猪，技能：撞击+叫声
球海獭，技能：撞击+摇尾巴
藤叶蛇，技能：撞击+瞪眼
对方是Lv.2蛇纹熊，轻松搞定
回到研究所里，从博士那里拿到精灵后答应去找小遥
向上穿过101号道路(101号路平面地图)
来到古辰镇(古辰镇地图)
在店员那里拿到一个伤药
继续向上，在幻影之森找到索罗亚变成的小遥
被识破后进入战斗，Lv.5索罗亚
战斗胜利后得到Lv.5索罗亚
小遥表示要跟主角在103号道路比试(103号路平面地图)
在下方路口找到小遥，对话进入战斗，小遥精灵：Lv.5火雉鸡
胜利后得到小遥的半个爱心球(定情信物吧~)
原路回到研究所，得到精灵图鉴和精灵球*5
出门妈妈给了风速鞋，按B键，模拟器X键可以跑步
出门向上走，在未白镇上方草地可捕捉草系御三家
古辰镇上方是水系御三家
古辰镇左边是火系御三家
在102号道路(102号道路平面地图)
打败几个训练师，在路口被叫住了，竟然是火箭队
火箭队的目标当然是主角手上的精灵了，进入战斗
火箭队精灵：Lv.5喵喵
胜利后火箭队跑掉了，而此时在研究所内，阿克罗玛发觉有些不对劲
继续向左，来到橙华市(橙华市地图)
先去道观看看吧
与爸爸对话后，与小光一起去抓精灵，此后略去无数字
与亚希达相遇(之后就不提这时不时出现的酱油君了)
继续向左上，来到橙华森林(橙华森林地图)
老地方又跟大叔见面了
水舰队参上，进入战斗，对方为：Lv.9土狼犬
胜利后得到超级球
走出森林来到104号道路(104号道路地图)