莆田港位于福建省沿海中部，东临台湾海峡，北依省会福州，南接泉州、厦门，北距上海港510海里、福州港132海里，南距广州港484海里，是福建省近些年重点发展的深水港。
该港横跨湄洲湾和兴化湾，两湾相隔平海湾，湾口外岛屿众多，现建有秀屿港区、东吴港区、兴化港区（原三江口港区）。湄洲湾是深入内陆的半封闭狭长形海湾，南北长33千米，跨莆田、泉州两市，湾内大部水深5米以上，水域宽阔，航道较深，湾口朝向东南，其余三面为陆域环抱，湾口有湄洲岛、大竹岛等岛屿遮蔽，外海波浪难以传人湾内，避风条件好，为天然的深水良港。兴化湾位于湄洲湾东北，长28千米，宽23千米，是福建省沿海最大的海湾，岸线曲折，口门有南日群岛作为天然屏障。
秀屿港区和东吴港区均位于湄洲湾北部，秀屿港区是莆田港的主港区，分为秀屿、莆头、石门澳3个作业区和枫亭作业点，主要从事集装箱、散货、木材、水泥、钢材、粮食等货物装卸、堆存。东吴港区分为罗屿、东吴、盘屿3个作业区，目前主要从事煤炭、矿石等散货装卸、堆存、混配等业务。
兴化港区位于兴化湾内，深入湾内，不受外海波浪影响，港区航道水深较深，助航设施完善，港口主要服务地方物资运输及陆岛交通运输。
截至2014年底，全港共有各类生产性泊位46个，其中万吨级以上深水泊位8个，完成货物吞吐量3070万吨。