在研究级显微镜（通常是共聚焦显微镜）上有一种不太常见的浸没式物镜是“水浸”物镜，通常在物镜筒上缩写为“WI”或“W”。当对细胞培养基中的活细胞成像时，强烈建议使用水浸式物镜。有两种类型的水浸式物镜（见图5）-“水浸”和“水浇蘸”（物镜筒上通常缩写为“WD”，不要与“工作距离”混淆）。
水浸式物镜通常与正置显微镜配置一起使用，用于直接浸入水或水基介质/缓冲液中。水浇蘸物镜则可提供很长的工作距离。这种物镜在生产时还配有十分曲折的弯角转盘，使用惰性材料如陶瓷等制作而成。水浸物镜的使用方式与油浸物镜类似，但要用水代替油。
使用水浸式物镜的优点之一是简单地将水作为浸没介质。很明显，这种介质很容易清洗。此外，您不需要根据正在进行的成像使用特定的浸没油，也不需要使用显微镜和物镜制造商指定的浸没介质。但使用水浸式物镜时有一些缺点。与水性物镜相比，油浸物镜具有更高的分辨率。此外，由于水的粘度（与油相比），使用水浸式物镜容易受到振动和小空气运动的影响。这种问题可以通过确保显微镜放置在防振台上来克服。或者，更简单的解决方案是在切片上放置一个特殊的环来形成一个小水池。水浸式物镜的最后一个缺点是成本。一些水浸式物镜的成本相当于一套完整的研究级显微镜。
徕卡提供的水浸显微镜自动加水装置克服了长时间活细胞成像或筛查实验中出现水蒸发的潜在问题（见图6）。